মুক্তাগাছা উপজেলায় বেশ কয়েকটি নদী আছে । এক সময় বজরাসহ বিভিন্ন বড় বড় নৌকা চলার উপযোগী পরিবেশ ছিল নদীগুলোতে । তবে আঠারো শতকের ভূমিকম্পে ময়মনসিংহ অঞ্চল উঁচু হয়ে যায় । যৌবন হারায় বহ্মপুত্রসহ এ অঞ্চলের সকল নদ নদী। তবুও কালের সাক্ষী হয়ে টিকে আছে কয়েকটি নদী । বিভিন্ন প্রকার দখলে দূষণে নদীর জীবন যৌবন সবই বিলীন হয়ে গেছে । চারপাশ থেকে গিলে খাচ্ছে নদীর জমি। বিভিন্ন জায়গায় বাধঁ দিয়ে ও ছোট ছোট কালর্ভাট করে কোথাও কোথাও নদীর চিহ্ন নিশ্চিহ্ন করে ফেলা হয়েছে ।

মুক্তাগাছার নদীগুলো হলোঃ আয়মন নদী, সুতিয়া নদী, সিরখালী নদী, বানার নদী, থাডুকুড়া নদী ও গৌড়ি নদী ।

আয়মন নদীঃ যার অবস্থান মুক্তাগাছা উপজেলায়। নদীটি মুক্তাগাছা পৌরসভা, মানকোন, কুমারগাতা, বড়গ্রাম ও খেরুয়াজানি ইউনিয়নের ওপর দিয়ে প্রবাহিত। কাগজে-কলমে নদীটির দৈর্ঘ্য ৩২.৭৫ কিলোমিটার। প্রস্থ ৭৫ ফুট, গভীরতা প্রায় ১৫ ফুট। নদীর ওপর ১২টি কালভার্ট, আটটি ব্রিজ ও দুটি স্লুইসগেট বিদ্যমান।

সিরখালি নদীঃ জামালপুর জেলার জামালপুর সদর উপজেলার পুরাতন ব্রহ্মপুত্র নদী থেকে উৎপত্তি লাভ করে ময়মনসিংহ সদর, মুক্তাগাছা উপজেলা অতিক্রম করে ফুলবাড়িয়া উপজেলার কুশমাইল ইউনিয়নে আখিলা নদীতে পতিত হয়েছে। এই নদীতে জোয়ারভাটা খেলে না। তবে বর্ষাকালে নদীটিতে বন্যা হয়।